医療統計学を学ぶ大学生のブログ

医療統計学、因果推論を専攻しています。R, SASユーザーです。

SASユーザー総会2022「Time-varying treatmentsに対する因果効果の推定」の公開資料について 

2022年9月1日(木)、2日(金)に開催されましたSASユーザー総会2022で、「Time-varying treatmentsに対する因果効果の推定」というタイトルで発表を行いました。聴講いただいた方には申し訳ないのですが、Appendixの部分に一部誤記があり、その点修正した資料…

統計的因果推論コラムに関して

別リンクへの誘導用の記事になります。現在SAS institute Japanにも在籍していますが、そちらでも統計的因果推論に関するコラムを書いていたりするので、せっかくなのでこちらのブログからも飛べるようにしておきます。随時更新します。 コラム概要 blogs.sa…

Causal Inference: What If, Chapter9

本記事はWhat If Capter9: Measurement biasについてのまとめ記事です。各章のまとめスライドについてはSpeaker deckにて公開していますので、適宜ご活用ください。またWhat Ifは以下のリンクよりダウンロードが可能です。 Chapter2の構成は以下のようになっ…

Time-varying treatmentsの因果推論:時間依存性交絡とg-methodsの紹介

以前の記事で言及したように、治療(曝露)が複数回行われる場合の因果推論(g-methods)についてまとめます。文量の都合上、g-methodsの各手法については別記事とする予定で、今回は時間依存性交絡や今後のg-methodsの各手法の議論に必要となる基本的な部分…

年内の方針

研究室関連の方への進捗共有も兼ねて、年内に想定している活動内容を書いています。怪文書ですが、まあ個人ブログなのでいいかなと思っています。いつか消します。 計量生物学会の感想・謝辞 研究活動 卒業研究 SASユーザー総会2022 修士への進学に向けて ブ…

Causal Inference: What If, Chapter1

統計的因果推論という分野で世界的権威であるMiguel A. Hernan, James M. Robins教授の著書「Causal Inference: What If」で取り扱っている内容についてまとめていきます。両名とも2022年4月現在、ハーバード大学に在籍されておりまして、本書は以下のMiguel…

The bias-variance trade-off

本記事はWhat Ifの11章の5節目(ラスト)の内容です。前回の記事はこちら。 norihirosuzuki.hatenablog.com 今回の内容はこんな感じ The bias-variance trade-off 複数のモデルの想定 バイアスと分散のトレードオフ Technical Point 11.1

Smoothing

本記事はWhat Ifの11章の4節目の内容です。前回の記事はこちら norihirosuzuki.hatenablog.com 今回の内容 Smoothing 線形モデルの仮定 モデルの滑らかさ ”liner(線形)”という用語に関して Fine Point 11.2

Nonparametric estimators of the conditional mean

本記事はWhat Ifの11章の3節目の内容です。前回の記事はこちら norihirosuzuki.hatenablog.com 段々と内容の抽象度、レベル感が上がってきているので一節ごとの毎日更新が厳しくなってきていますがどうにか出来る限り頑張ります。というわけで内容へ。 Nonpa…

Parametric estimator of the conditional mean

本記事はWhat Ifの11章の内容にあたります。11章は以下の4つの節で構成されており、今回はその2節目の内容です。 Data cannot speak for themselves Parametric estimators of the conditional mean Nonparametric estimators of the conditional mean Smoot…

Data cannot speak for themselves

本記事はWhat Ifの11章の内容にあたります。What IfのPartⅡから使用されている具体例は、実データに線形回帰やロジスティック回帰モデルを適合させたものでありPartⅠのように手計算では難しいので、R, SAS, Stata, and Pythonなどを使用しています。データセ…

2021年度日本分類学会シンポジウム@石垣島に参加した話

タイトルの通り分類学会に参加しての感想だったりをつらつら書いています。暇つぶし程度にどうぞ。 今回そもそも分類学会には同じ研究室の修士2年の方が学会で発表をされるということで、せっかくだしそれについていこうという感じでヌルっと参加が決まりま…

無料でSASを使ってみる話③(SAS ODAとPythonの接続)

SAS

自分が今いる学部だと授業で基本的に使うのは、RかPythonで、SASをやっている人がほぼいないのですが、個人的には医療系行く人は少しだけでもSAS触れてくれると嬉しいなということもあり最近SAS系の記事を書いてます。今回はその一環として無料で利用可能なS…

SASによる解析:LOGISTICプロシジャを用いた二値アウトカムに対するロジスティック回帰

SAS

大まかな内容としてはロジスティック回帰分析の概要と、それを実際にSASで実行するとしたらどんな感じのプログラムを組めばいいかを簡単にまとめていこうと思います。 また今回の内容とは関係ないのですが、最近SNSなどを経由してこのブログに関しての応援の…

SASによる解析:LIFETESTプロシジャによる白血病患者を対象とした生存時間解析

SAS

生存時間解析をもう一度丁寧に勉強しなおしているところで、以前に作成したカプランマイヤー曲線に関する記事だと少し内容が物足りないところがあるかなということで、内容を補足していこうと思います。なお生存時間解析自体の理論的な話については、下記の…

生存時間解析①概要と打ち切り

医学研究において頻繁に出てくる解析手法の一つに生存時間解析というものがあります。生存時間解析は名前の通り生存時間に関する解析手法であり、研究に携わる者としては非常に重要な分野かと思います。ただその内容は理論的にも難しい部分があり、多くの方…

SASの学習に関して

SAS

授業や研究等で個人的にはちょいちょいSASを使っているのですが、来年から有志メンバーできちんとSASをもう一度学びなおそうと思っている今日この頃です。ただSASを学ぶといってもあまり具体的にどうやるかという部分が明確ではないので、まずはどういった学…

SASによる解析:操作変数法による教育が賃金に与える因果効果の推定

SAS

今回は以前に書いた操作変数法に関する概略の続きとして、実際に操作変数法を用いて因果効果の推定が行われた研究を、後追いしつつ、紹介していこうと思います。前記事はこちら。 norihirosuzuki.hatenablog.com 使用するデータはangrist and krueger(1991)…

無料でSASを使ってみる話②

SAS

今回はSAS OnDemand(ODA)で利用できるものについて、色々とまとめていこうと思います。ちなみにこのブログを書き始めたのが今年の4月で、SASカテゴリの記事として一番最初に書き始めたのがODAの利用方法についてでしたが、今回はその記事への追記という立…

SASによる解析:CAUSALTRTプロシジャを用いたIPW法によるATEの推定

SAS

前回のIPWの記事の続きとして今回はSASでのIPW法での解析例について紹介をします。前回の記事はこちら。 norihirosuzuki.hatenablog.com 個人的な意見ですが、IPW推定はプロシジャを利用してしまえば比較的簡単に実行が可能です。むしろそれ以上に時間をかけ…

傾向スコアを用いたIPW(IPTW)法の概要

先日は傾向スコアを用いたマッチングについての記事をまとめましたが、同じ傾向スコアを使う方法つながりとして、今回はIPW法についてまとめていこうと思います。 傾向スコアマッチングでは、マッチングという作業が入ってしまう分どうしても解析対象となる…

SASによる解析:PSMATCHプロシジャを用いた傾向スコアマッチング

SAS

(Image by stux from Pixabay) 今回は傾向スコアマッチングについてまとめます。傾向スコアは観察研究やランダム化が行われない実験研究で大きなメリットを持つ方法です。マッチングにあたってはSAS14.2より追加されたPSMATCHプロシジャを使用してやっていき…

傾向スコア(Propensity Score)の概要

今回は因果推論の文脈で近年非常に多く使われるようになっている傾向スコアについて簡単にまとめていこうと思います。また別記事としてSASでの傾向スコアを用いた解析の簡単な例やコード等もまとめていけたらいいかなと思います。 因果効果の定義 交換可能性…

主要な分布における母関数の利用をした期待値、分散の算出

この記事はこちらの母関数についての記事の続きとなっています。母関数自体についてのまとめを見たい方はそちらをどうぞ。 norihirosuzuki.hatenablog.com 今回はいくつかの分布での母関数を用いた期待値、分散の算出を行っていきます。ちなみに統計検定1級…

母関数についてのまとめ

母関数について今回はまとめていこうと思います。個人的に最初に母関数を見たときはそもそもどういうものかイメージがつかみづらかったり、統計の本だと展開の途中式が省略されていたりとなかなか初心者にとってはハードルが高いので、ここではできる限り途…

SASによる解析:TRANSPOSEプロシジャを用いた転置

SAS

先日、個人的にSASでとあるデータの解析を行っている際に、ある変数列に含まれるデータを新たな変数列とし、別な変数列(ID)の値ごとに行とするという作業がありました。その時に使ったのが今回まとめるtransposeプロシジャです。 転置に関することなので、…

SASによる解析:IMLプロシジャでの行列計算

SAS

前回の記事の続きということで、今回はSASでの行列計算についてまとめていこうと思います。行列の作成、データセットからの変換についてはこちらからどうぞ norihirosuzuki.hatenablog.com またこの場をお借りして、毎度毎度Twitterで自分の疑問に様々な解決…

SASによる解析:IMLプロシジャを用いた行列の作成

SAS

最近SASで解析する機会は増えていたのですが、そういえばSASで行列計算をしたことがなかったなということで、今回は行列計算を行うIMLプロシジャの基本的な要素と簡単な例についてまとめようと思います。 この記事は行列の作成がメインで、行列計算について…

SASによる解析:横結合

SAS

今回はSASのデータハンドリングのうち横結合に絞ってまとめます。 MERGEステートメントでの横結合 行数が異なる場合の動き サンプルコード

SASによる解析:縦結合

SAS

今回はSASのデータハンドリングのうち縦結合に絞ってまとめます。 縦結合の方法 SETステートメントでの縦結合 サンプルコード APPENDプロシジャでの縦結合 サンプルコード