医療統計学を学ぶ大学生のブログ

医療統計学、因果推論を専攻しています。R, SASユーザーです。

Lasso回帰モデルにおけるSolution pathについて

この記事は立ち位置としては、以前のこの記事の続きとなります。 norihirosuzuki.hatenablog.com Lassoの概要 Solution pathについて LARSについて 例 参考

SASによる解析:Bootstrap法の実行方法

SAS

今回の記事ではSASでのBootstrap法の利用方法についてまとめます。やり方はいくつかありますがここではsurveyselectというプロシジャを使った方法を紹介します。このほかにもこちらのSAS公式のQ&Aではマクロによるものなどがあります。 Bootstrap法について …

SASによる解析:ODSを用いたプロシジャの出力結果の保存

SAS

個人的な研究でSASのプロシジャを用いた解析のアウトプットの一部をデータセットとして使いたいタイミングがあり、その方法について初めて知ったので後学のためにも具体例とともに簡単にまとめます。 ODSについて 出力結果をファイルに保存する方法 出力結果…

SASによる解析:Excel(エクセル)の読み込みと出力

SAS

他の統計解析ソフトと同じく、SASもテキストファイルやExcelファイルのような様々な外部ファイルを読み取ることができます。この記事ではその中でも特に使用頻度が高いExcelについて、その読み込みと出力についてまとめていきます。 Excelの読み込み libname…

SASによる解析:CORRプロシジャでの相関係数の算出

SAS

2つの量的データの関係を視覚的にみる方法としては、散布図や回帰直線などがありますが、それ以外に関係性を見る一つの指標に相関係数があります。今回はSASのCORRプロシジャを使った相関係数の算出についてまとめます。 相関係数について 相関(correlatio…

SASによる解析:CAUSALTRTプロシジャでの因果効果の推定

SAS

観察研究で問題となることの一つには、交絡(Confounding)があります。これは交絡因子の存在により、真の関係性にバイアスが入ってしまうことを指します。この交絡の調整の方法としては、回帰分析や傾向スコアを利用した手法など、多くの方法が考えられてい…

SASによる解析:SGPLOTプロシジャでのグラフの作成

SAS

(Image by 200degrees from Pixabay) SASのSGプロシジャは様々なグラフを作成できる非常に有用なプロシジャです。今回はその中でもよく使われるSGPLOTプロシジャについて、具体例とともにまとめていきます。 SGプロシジャについて SGPLOTプロシジャについて …

SASによる解析:GLMSELECTプロシジャを用いたLasso回帰

SAS

今回はSASのGLMSELECTプロシジャを用いて、Lasso回帰を行います。Lasso(L1正則化)、Ridge(L2正則化)は割とメジャーな手法ですが、つい最近までSASでの実装方法を知らなかったので、忘備録的にまとめます。 Lasso(L1正則化)について SASでの実装 データ…

YBS勉強会:『ロスマンの疫学』第4章まとめ

ロスマンの疫学 第2版 作者:KennethJ. Rothman 篠原出版新社 Amazon ロスマンの疫学第4章のまとめです。4章以降からボリュームのある章が増えていくので、隔週での活動内で1章進まない場合は、二回分の活動内容をまとめて載せます。 疾病発生の測定 リスクと…

Causal DAGsの紹介

最近Twitterで、DAGに関する議論が巻き起こったのもあり、一度What If(Ch.6)でのDAGに関する内容をまとめたほうがいいかなと、この記事を書き始めています。また、Modern EpidemiologyのゼミでDAGのパスに関する話が出たのですが、What Ifを経験していない…

YBS勉強会:『宇宙怪人しまりす』5,6月まとめ

宇宙怪人しまりす 医療統計を学ぶ (岩波科学ライブラリー (114)) 作者:佐藤 俊哉 岩波書店 Amazon 1,2年生を中心としたメンバーでの「宇宙怪人しまりす」の輪読の5, 6月(通常の2, 3章)まとめです。期末試験がある影響で夏季休業に入るまでは少しこの勉強…

SASによる解析:t検定に関して

SAS

t検定は統計的仮説検定を行う際に使う最も基本的な方法の一つで、広く利用されています。ですがt検定といっても複数の種類があったりと、統計に慣れていない方にとっては混乱することもあるかと思います。 個人的な話ですが、後輩や卒業研究を行っている知…

SASによる解析:一元配置分散分析のシミュレート(One-way ANOVA)

SAS

前回の記事では線形関係があるデータのシミュレート、分析を行ったということで、その続きとして今回は一元配置分散分析の場合を扱おうと思います。実行環境はいつも通りSAS Studioですが、SAS9.4で同様の結果を得ることが出来ます。 一元分散分析について S…

YBS勉強会:『ロスマンの疫学』第3章まとめ

ロスマンの疫学 第2版 作者:KennethJ. Rothman 篠原出版新社 Amazon 「ロスマンの疫学」の輪読は2週間に一回のペースで、3年生を中心としたメンバーで行っています。6月末に行った第3章の輪読内容についてまとめていなかったので、ちょっと遅くはなりました…

SASによる解析:データのシミュレート(線形回帰)

SAS

ある仮定を持つデータのシミュレートは、手法の頑健性などを調べる際にはよく行います。 この記事では、SAS上での線形関係があるデータのシミュレートと、実際にそれを用いた重回帰分析を行います。 実行環境はSAS Studioですが、SAS9.4 でも同様に実行可能…

YBS勉強会:『宇宙怪人しまりす』4月まとめ

宇宙怪人しまりす 医療統計を学ぶ (岩波科学ライブラリー (114)) 作者:佐藤 俊哉 岩波書店 Amazon ロスマンの疫学の輪読を行う一部メンバーとは別に、今週からは1,2年生を中心とした計6名での「宇宙怪人しまりす」の輪読もはじまりました。この記事はその初…

有害事象と副作用、副反応の使いわけ

(Image by Fanette from Pixabay) 最近のコロナ関連のニュースではワクチン投与後の反応のことを、初期の「副作用」ではなく、「副反応」という言葉を用いて報道されています。ある医学研究のデータ分析を始めているのですが安全性プロファイルにも目を通す…

感度と特異度、検査法の評価と基準率の誤謬に関する話

(Image by geralt from Pixabay) 先日のゼミの中で、base-rate fallacyやPCR検査の感度に関する話題になり、一度そのあたりを整理したほうがいいかなということで、今回まとめていこうかなと思います。 統計や疫学、医療にかかわっていない人からすると、感…

SASによる解析:散布図の作成

SAS

この記事ではSASでの散布図の作成法について具体例とともに解説を行います。SASでグラフを作成するSGプロシジャにはいくつか種類がありますが、今回はSGPLOTとSGSCATTERについて紹介します。 SASの実行環境はいつも通りSAS OnDemandのSAS Studioです。コード…

YBS勉強会:『ロスマンの疫学』第1, 2章まとめ

(Image by Elsemargriet from Pixabay) 最近設立した医療統計、疫学を学ぶサークルの活動を本日より開始しました。当面の間はこのブログの中で勉強会の内容等について共有させていただきます。輪読している本の章末問題に関しては、学生の議論の結果を載せさ…

書評:『ローゼンバウム 統計的因果推論入門: 観察研究とランダム化実験』

ローゼンバウム 統計的因果推論入門: 観察研究とランダム化実験 作者:Paul R. Rosenbaum 発売日: 2021/05/17 メディア: 単行本 こちらの本を訳者である本学の阿部貴行先生から、田栗研究室宛に恵贈いただきました。本書は、統計学的因果推論を行うにあたって…

SASによる解析:回帰分析の実行

SAS

(Image by Goumbik from Pixabay) 今回は、単回帰分析の理論的な話(最小二乗法など)は一旦後回しにして、SASでの単回帰分析の実行方法についてまとめます。導出方法については別記事でまとめる予定ではいますが、気になる方は専門書等を参照していただける…

因果推論におけるHillの考慮事項

(Image by geralt from Pixabay) 因果推論を行うにあたって、因果関係であるか否かを判断するための何かしらの基準を作ればいいのではないかという発想は自然なことかと思います。この一定のルールを作ろうとするアプローチの始まりは、イギリスの哲学者であ…

SASによる解析:グローバルステートメント、書籍の紹介

SAS

norihirosuzuki.hatenablog.com 上記の記事の続きになります。ライブラリをはじめとするグローバルステートメント、外部ファイルの読み込みといったSASによる統計解析までに必要なことがおおよそ終わるので、次回からは統計解析の具体的な方法についてを扱い…

選択バイアス(Selection bias)について

(Image by geralt from Pixabay) 無作為化が行われた実験研究では、通常、交絡は予測されません。しかし、観察研究と実験研究ではともに交絡以外にも真の関係性をゆがめる潜在的な問題、バイアスが存在しており、これもまた調整をする必要があります。 この…

SASによる解析:データの作成と表示

SAS

norihirosuzuki.hatenablog.com SASでのプログラミング、解析方法についてまとめていこうと思いますが、例のごとく膨大な量になるので、「SAS」というカテゴリ(ページの右下)でシリーズ化します。 今回は、SASの基本的な使い方、データセットの作成、表示…

操作変数法(IV estimation)について

(Image by PhotoMIX-Company from Pixabay) つい先日、輪読を行っているWhat Ifの担当発表が終わり、せっかくなので簡単にまとめようかと思います。今回の内容はChapter16の操作変数法(Instrumental variable estimation)です。記事中の画像はWhat Ifより…

横断研究とコホート研究の話

(Image by ferna ndozhiminaicela from Pixabay) 疫学研究は大きく観察研究と介入研究に分類されますが、今回は観察研究の一つであるコホート研究と横断研究について解説をします。 特に目新しさはないですが、研究のデザインというものは疫学や医療統計に関…

無料でSASを使ってみる話①

SAS

(Image by 200degrees from Pixabay) 医学分野の統計解析でよく使われるSASですが、今後このブログでも各解析手法の説明とともに簡単な実装例(コード含め)を載せていこうかなと思うので、今回はその手始めとして、無料でSASを使えるSAS Ondemandというもの…

潜在アウトカムを用いた因果推論基礎

(Image by geralt from Pixabay) 因果推論についての理論、手法は様々なものが世の中に出ていますが、すべてを取り扱おうとするとかなりの量になってしまうので、シリーズ化していこうと思います。 第一弾として、今回はルービン因果モデルにおいて最も基礎…